建国以来，协和是开展研究生教育较早的单位之一。 
         1953年上级决定调整协和教学任务，停止招收医学生，逐步把协和医学院转变为医学进修学院。在教育部发出《高等学校培养研究生暂行办法（草案）》之后于1954年学校开始了研究生培养工作。选拔和招生办法开始采取保送，1956年改为考试。
       1954年招收二年制研究生41名。1956年9月，根据教育部的通知和要求，通过入学考试招收四年制副博士研究生18名。最后，毕业15名，其中10名留在本校工作。 
       1960年卫生部通知9所医药院校选送73名大学毕业生到本校报考研究生，还通知上海第一医学院等13所医药院校选送22名在职教师报考本校研究生。经入学考试共录取61名。1961年经入学考试采取研究生13名。1963年招生10名，1964年招生24名，1965年招生11名。 
       1966年“文化大革命”开始后，研究生制度被批判，教育部通知停止招生，取消研究生制度。  济
       1978年，中断了十二年之久的研究生教育开始恢复，招生数量增加，培养工作日趋改进，并且开始学位授予工作。  业
       1980年2月全国人民代表大会颁布了《中华人民共和国学位条例》，根据教育部的布置，从1981年协和开始招收博士学位研究生13名，1982年招3名，1983年招8名，1984年招7名。  200092
       1981年11月国务院学位委员会批准我院校为首批具有硕士学位和博士学位授予权的单位。  200092
       1986年8月经国和院批准学校试办研究生院，1996年正式挂牌成立中国协和医科大学研究生院。现有博士学位授权点33个，硕士学位授予点45个。有国家级重点实验室3个（分子肿瘤学、血液学、医学分子生物学）。有博士的流动站3个（基础医学、药学、临床医学）。有全国高校医学重点学科点7个9细胞生物学、生物化学、核医学、药理学、药物化学、外科学（脑心外科）、内科学（心血管病、血液病）。  48号
        2003年有在校博士生975人，硕士生1123人，毕业博士生310人（获学位254人），毕业硕士生145人（获学位152人）。