我校是全国首批招收研究生和具有博士、硕士授权单位之一。1978年首次开展中医药学发展史上的研究生教育，开始招收攻读硕士学位研究生，1983年开始招收攻读博士学位研究生。1986年开始接收港澳台及外籍在读研究生，1987年被批准具有在职人员以研究生同等学力攻读硕士学位的授权单位，并被批准为我国临床医学研究生的首批试点单位，1994年是首批建立中医学博士后流动工作站的单位之一，开始接收博士后工作人员进站工作。
　　1997年开展在职人员以研究生同等学力攻读博士学位工作的试点工作，1998年被批准成为开展临床医学（中医、中西医结合）博士、硕士专业学位的试点单位。2001年经国家批准并开始招收非医学专业本科毕业生攻读中医学博士学位研究生。目前，我校拥有中医、中药、中西医结合三个一级学科博士学位授予权，二级学科中有15个博士学位授予权和16个硕士学位授予权。截止2001年底，我校研究生培养规模已达559人，其中博士生276人、硕士生234人、中医七年制学生49人，居全国高等中医药院校的前列。另有在职人员以同等学力申请学位课程学习410人。20多年来我校共为社会培养研究生952人，其中博士258人、硕士694人。3个博士后科研流动站先后有27人进站工作，已出站18人。 
　　在研究生教育中，我校严把入学质量，要求攻读硕士学位的人员必须达到大学本科学历和研究生录取严格按国家统一录取标准；对研究生的知识掌握明确提出“一级学科的信息”、“二级学科基本功”和“三级学科的专功”的三级要求；培养中强调二级学科培养规范，研究生学位课程体现中医学特点和紧密结合临床；强调研究生教育与学科建设紧密结合。近几年来通过调整博士生与硕士生比例，招收的博士生数明显增加。同时，积极开展在职人员以同等学力申请学位、博士后进站、基础学科优秀研究生提前攻读博士学位等工作。我校在遴选本校博士生导师的同时，还接受校外兼职博士生导师的申请。1999年，我校研究生处被教育部、国务院学位委员会授予“全国与研究生教育管理工作先进集体”荣誉。
　　北京中医药大学的研究生教育经过奠定基础、调整稳定、逐步发展，目前已经形成具有一定规模的、学科门类比较齐备的中医、中药、中西医结合研究生教育体系。